“跳躍基因”無(wú)處不在。每個(gè)生命領(lǐng)域都攜帶這些DNA序列,它們沿著一條染色體從一個(gè)位置“跳”到另一個(gè)位置;事實(shí)上,有接近一半的人類(lèi)基因組是由跳躍基因組成的。根據(jù)它們特定的切除和插入點(diǎn),跳躍基因可能中斷或引發(fā)基因表達(dá),從而驅(qū)動(dòng)基因突變,并導(dǎo)致細(xì)胞的多樣化。自從上個(gè)世紀(jì)40年代它們被發(fā)現(xiàn)以來(lái),研究人員已經(jīng)能夠研究這些跳躍基因的行為,它們通常被稱(chēng)為轉(zhuǎn)座子或轉(zhuǎn)座因子(TE),科學(xué)家主要通過(guò)間接方法,從大部分結(jié)果推斷出單個(gè)跳躍基因的活動(dòng)。然而,這樣的技術(shù)不夠敏感,不能準(zhǔn)確地確定轉(zhuǎn)座子如何或?yàn)槭裁刺S,以及什么因素引發(fā)了它們的活動(dòng)。
6月13日發(fā)表的一項(xiàng)研究中,美國(guó)伊利諾伊大學(xué)香檳分校的科學(xué)家們,實(shí)時(shí)觀察到了活細(xì)胞內(nèi)的跳躍基因活動(dòng)。
研究團(tuán)隊(duì)進(jìn)行了體內(nèi)實(shí)驗(yàn),在這項(xiàng)研究中,較之以前的研究,我們看到了比預(yù)期更多的跳躍基因正在活動(dòng)。更重要的是,我們發(fā)現(xiàn)這些基因跳躍的頻率,敏感地依賴(lài)于細(xì)胞如何生長(zhǎng)——例如是否有可用的食物讓細(xì)胞生長(zhǎng)。換句話說(shuō),跳躍基因激活并不是*隨機(jī)的,它依賴(lài)于環(huán)境的反饋。
為了在活細(xì)胞中觀察這些*的細(xì)胞進(jìn)化事件,Kuhlman的團(tuán)隊(duì)設(shè)計(jì)了一個(gè)使用大腸桿菌的合成生物學(xué)系統(tǒng)??茖W(xué)家們把編碼熒光蛋白(在這項(xiàng)研究中,是藍(lán)色和黃色熒光蛋白)的報(bào)告基因的表達(dá),與轉(zhuǎn)座子的跳躍活動(dòng)結(jié)合起來(lái)。然后,科學(xué)家們可以使用熒光顯微鏡直觀地記錄轉(zhuǎn)座子的活動(dòng)。
這些基因在一個(gè)細(xì)胞的基因組內(nèi)跳躍和改變位置。這種活動(dòng)相當(dāng)于一個(gè)分子系統(tǒng),這樣,當(dāng)它們開(kāi)始跳躍時(shí),整個(gè)細(xì)胞會(huì)發(fā)出熒光。在我們的實(shí)驗(yàn)中,細(xì)胞在它們不太高興的時(shí)候發(fā)出zui多的熒光。一種學(xué)派表明,在這種不快樂(lè)的情況下,這樣一種增加的突變率,對(duì)多樣化的細(xì)胞來(lái)說(shuō)可能是一個(gè)優(yōu)勢(shì)。
為了幫助設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn),并推斷“如果跳躍以一種純粹隨機(jī)的模式發(fā)生時(shí)會(huì)是什么情況”,研究團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了細(xì)菌菌落生長(zhǎng)的計(jì)算機(jī)模擬,并預(yù)測(cè)在隨機(jī)的情況下實(shí)驗(yàn)信號(hào)會(huì)是什么樣子。這些計(jì)算表明,實(shí)驗(yàn)不能僅僅被理解為隨機(jī)轉(zhuǎn)座子活動(dòng),甚至能提供非隨機(jī)性來(lái)源的線索,包括環(huán)境反饋和遺傳。他們的工作涉及大量的計(jì)算圖像分析,其次是統(tǒng)計(jì)分析。為了從原始數(shù)據(jù)中提取信號(hào)和結(jié)論,模擬和理論計(jì)算對(duì)于實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和解釋是很很重要的。只有利用活細(xì)胞物理學(xué)中心提供的*結(jié)構(gòu),才使得這類(lèi)合作項(xiàng)目成為可能。
zui首要的長(zhǎng)期研究目標(biāo)是,在分子水平上深入了解進(jìn)化是如何運(yùn)作的。直接觀察細(xì)胞內(nèi)的基因組如何重組自我,可讓我們測(cè)定適應(yīng)率,并可能揭示了一系列重要的進(jìn)化問(wèn)題——從生命的出現(xiàn)到癌癥的傳播,在這些過(guò)程中細(xì)胞經(jīng)歷了快速突變,并轉(zhuǎn)換了它們的基因組。
關(guān)于“跳躍基因”,早在2013年就有研究人員采用一種新方法,在其行動(dòng)時(shí)捕捉神出鬼沒(méi)的“跳躍基因”,他們發(fā)現(xiàn)一種DNA類(lèi)型利用了兩個(gè)人類(lèi)蛋白進(jìn)行自我復(fù)制以及從一個(gè)地方移動(dòng)至另一個(gè)地方。這一研究發(fā)現(xiàn)使得研究人員突破性地認(rèn)識(shí)到,驅(qū)使遷移至人類(lèi)基因組新區(qū)域的跳躍基因,與致力于限制這樣的不穩(wěn)定DNA片段所帶來(lái)的風(fēng)險(xiǎn)的細(xì)胞之間存在著軍備競(jìng)賽。
2015年5月,研究人員確定了兩種蛋白質(zhì)之間的相互作用,是一個(gè)轉(zhuǎn)座子整合到酵母基因組中一個(gè)特定區(qū)域所*的。這些研究結(jié)果發(fā)表在《科學(xué)》(Science)雜志,強(qiáng)調(diào)了這些可移動(dòng)DNA序列在生物進(jìn)化與適用中的作用,及其對(duì)于基因治療的潛在價(jià)值。
另外,密西根大學(xué)醫(yī)學(xué)院的研究團(tuán)隊(duì)在2015年11月的雜志上發(fā)表文章指出,沒(méi)有尾巴的轉(zhuǎn)座子無(wú)法進(jìn)行有效的跳躍。這項(xiàng)研究解決了轉(zhuǎn)座子跳躍的重要問(wèn)題,有助于限制反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子LINE-1的行動(dòng)。